首都医科大学附属北京儿童医院内科目前开放床位266张，包括了感染、内分泌、呼吸、结核、消化、风湿免疫和肾脏专业。

肾脏专业对各类小儿原发性和继发性肾脏疾病的诊治有丰富的临床经验，达到国内领先水平。北京市小儿血液净化中心现有7台儿童专用血透机和1台腹透机，可进行血液透析、血液灌流、血浆置换及腹腹透析等血液净化治疗。

呼吸专科现已作为我院的重点支持学科，2011年获批国家临床重点专科。在国内儿科最早开展支气管镜介入诊疗，建立儿童哮喘中心、儿童睡眠中心。现有呼吸病房76张开放床位，其中结核病房11张床位。

内分泌专业病房床位40张，设有全国专业门诊是最多的亚专业：糖尿病、肥胖、性腺、甲状腺、矮小、遗传代谢专业门诊和普通内分泌门诊。在国内一直处于临床诊治水平的先进行列。糖尿病领域诊疗和研究一直是我科的重点。性腺门诊与泌尿外科合作，成为又一专科特色。

感染专业在发热待查、败血症、全身感染、中枢神经系统感染等疾病的诊断、抢救、治疗方面有着丰富经验;开展了硬脑膜下穿刺、引流和灌洗术，开展鞘内注射、腰大池引流、侧脑室引流并局部治疗等多种治疗。

消化专业不仅对常见的消化系统疾病如腹泻病、消化性溃疡病、婴儿肝炎综合征等具有丰富经验;还建立了电子胃镜室、胶囊内镜室、胃肠动力室以及下消化道疾病内外科诊治平台。

北京儿童医院风湿免疫专业在全国儿童风湿病免疫领域处于领导地位，在诊治常规及罕见的的自身免疫性疾病方面具有丰富而经验。